При выгрузке организации из базы появляется ошибка дублирующийся полей, примерный текст ошибки:
Обнаружены ошибки в выгружаемых данных
Проверка выгружаемых данных завершена. Обнаружены ошибки, препятствующие продолжению выгрузки:
У некоторых объектов Справочник.ПредопределенныеВариантыОтчетов:
- Список данных для обновления
- Основной
дублируются поля:
Отчет (Отчет)
Ключ варианта (КлючВарианта).
Для выгрузки необходимо удалить дублирующийся элементы, в нашем случае в приложении 1С они уже были помечены на удаление, но удалить их из встроенной обработки не получается из-за того что они там не отображаются, поэтому нужно применить следующий способ:
Перед удалением дублей рекомендуется сделать резервную копию базы (Конфигуратор - Администрирование - Выгрузить информационную базу)
Для удаление помеченных на удаление дублей нужно открыть базу в режиме Конфигуратор:

Перейти в Сервис - Параметры

Включить Управляемое приложение и обычное приложение и нажать Ок

Далее Отладка - Толстый клиент (обычное приложение)

После этого откроется 1С со старым интерфейсом, выбирает Операции - Удаление помеченных объектов, в всплывающем окне нажимаем Да

Нажимаем Контроль

Нажимаем удалить

После выполнения операции закрываем "Обычное приложение" и в конфигураторе возвращаем Сервис - Параметры - Управляемое приложение - Ок
Пробуем сделать выгрузку базы еще раз.